A Coordenadoria de Vigilância em Saúde é responsável por todas as ações de vigilância, prevenção e controle de agravos, prioritariamente com ações de promoção à saúde, com o monitoramento epidemiológico das doenças transmissíveis e não transmissíveis, de atividades sanitárias programáticas, de  vigilância em saúde ambiental e saúde do trabalhador, elaboração e análise de perfis demográficos epidemiológicos, proposição de medidas de controle, etc.  A Vigilância encontra-se distribuída em patamares hierárquicos técnico-administrativos, nas esferas federal, estadual, municipal e regional, sendo que a base de todas as informações é a região, mais precisamente a micro área.